محمدعلی نیکبخت پیش از این در پست‌هایی چون معاونت برنامه‌ریزی و امور اقتصادی وزارت جهاد کشاورزی، ریاست جهاد کشاورزی سیستان و بلوچستان، رئیس هیات مدیره و مدیرعامل سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران و … مشغول فعالیت بوده است.